Anunțul de săptămâna trecută despre AlphaFold 3, un nou program bazat pe inteligența artificială de la Google DeepMind, a stârnit entuziasm în comunitatea științifică datorită promisiunii de a îmbunătăți considerabil predicțiile privind structura și interacțiunile proteinelor și de a ajuta descoperirea de noi medicamente. Dar DeepMind și Nature, care au publicat cercetarea, au fost criticate pentru că au oferit doar acces restricționat la program și nu au reușit să lanseze codul de calcul care stă la baza acestuia.
Într-o scrisoare deschisă care a primit peste 650 de semnături la 14 mai, cercetătorii scriu că sunt „dezamăgiți” de lipsa resurselor care însoțesc publicația și acuză jurnalul că își subminează propriile reguli privind disponibilitatea codului. „În timp ce companiile au dreptul de a-și valorifica inovațiile, utilizarea imprimaturului publicațiilor academice fără posibilitatea de a reproduce rezultatele, cu atât mai puțin folosirea lor, subminează întreprinderea”, scriu cercetătorii în scrisoarea publicată pe 11 mai. „Când revistele nu reușesc să-și pună în aplicare politicile scrise despre punerea la dispoziție a codului… ele demonstrează modul în care aceste politici sunt aplicate în mod inechitabil și cum deciziile editoriale nu se aliniază nevoilor comunității științifice.”
Experții în domeniul predicției proteinelor au descris AlphaFold 3 drept „transformator” și „foarte impresionant”. Ei spun că lucrarea marchează un progres semnificativ față de programele anterioare, cum ar fi AlphaFold 2 și RoseTTAFold All-Atom.
Cu toate acestea, în timp ce predecesorii săi au fost lansați cu cod descărcabil, AlphaFold 3 este în prezent accesibil doar printr-un server web. Utilizatorii se confruntă, de asemenea, cu limitări în ceea ce privește moleculele pe care le pot analiza. Nu este posibil să se prevadă interacțiunile dintre proteine și medicamente noi, de exemplu, pentru a evita competiția cu eforturile de descoperire a medicamentelor ale DeepMind Isomorphic Labs.
Nici codul AlphaFold 3 nu a fost disponibil în timpul procesului de revizuire pentru lucrarea Nature. Roland Dunbrack, un biolog la Fox Chase Cancer Center și coautor al scrisorii, spune că a primit manuscrisul fără nicio modalitate de a testa programul. După ce a contactat jurnalul, a obținut acces la o versiune timpurie a serverului web, dar solicitările repetate de cod înainte de publicare au rămas fără răspuns, spune el. „Nu înțeleg de ce editorii l-au trimis pentru revizuire în acele condiții.”
Lucrarea nu oferă o justificare, menționând pur și simplu „Codul nu este furnizat” – o omisiune care pare să „încalce flagrant” politicile Nature, spune James Fraser, biolog structural la Universitatea din California.
Aparenta contradicție a stârnit mânia cercetătorilor. Nature și-a apărat gestionarea proiectului. „În timp ce caută să sporească transparența cu fiecare ocazie, Nature acceptă că pot exista circumstanțe în care datele sau codul de cercetare nu sunt disponibile în mod deschis”, a spus editorul-șef Magdalena Skipper într-o declarație.
